Michael Scofield é enviado à Penitenciária Estadual de Fox River como parte de um plano para libertar seu irmão, Lincoln Burrows, que foi condenado à morte por um crime que não cometeu. 

Os problemas começam entre os presos e Michael percebe que precisa de ambas as partes. Veronica Donovan vê a prova que compromete Lincoln pelo assassinato de Terrence Steadman. 

Michael testa a honestidade de Fernando Sucre, seu companheiro de cela, para ver se pode guardar o segredo da fuga, mas ele não quer formar parte disso. T-Bag quer se vingar de Michael e John Abruzzi tenta localizar Fibonacci. 

Michael segue trabalhando em seu plano, mas com seu novo companheiro de cela, "Haywire" Patoshik. Quando Sucre descobre que seu primo Héctor está saindo com sua noiva, decide fazer parte do plano de fuga. 

Tentando descobrir a relação entre Michael e Lincoln, os agentes Paul Kellerman e Daniel Hale conseguem transferir Michael para outra prisão através de ameaças ao diretor Henry Pope. Michael decide com a equipe qual será a rota para a fuga. 

Devido ao atraso no plano, Michael cria um contratempo entre os prisioneiros para ganhar tempo, mas T-Bag agrava a situação colocando em perigo Lincoln, Sara Tancredi e todo o plano de fuga. 

Michael coloca em perigo o plano ao salvar Sara de outros prisioneiros, mas Sucre, Abruzzi e T-Bag continuam com o plano. Lincoln sofre uma tentativa de homicídio. Veronica e Nick Savrin seguem investigando o caso com uma nova pista. 

Ao descobrir que os guardas estão atrapalhando em uma parte vital do plano, Michael chama Charles Westmoreland para fazer parte da equipe. Veronica, Nick e LJ Burrows estão em perigo por causa dos agentes Kellerman e Hale. 

Michael protege um jovem prisioneiro dos ataques de T-Bag. O plano de fuga é ameaçado quando Abruzzi deixa de cumprir um favor a Philly Falzone, perdendo o controle da Prison Industries, onde é determinado quem trabalha na prisão. C-Note começa a suspeitar dos planos de Michael,John Abruzzi morre com a garganta cortada por T-bag. 

Michael tentam recuperar o controle da Prison Industries, mas para isso Michael precisa dizer onde está Fibonacci. C-Note entra na equipe por conta própria. Veronica, Nick e LJ estão em perigo novamente. 

Os funcionários da prisão - incluindo Sara - descobrem que Michael tem uma esposa, que trás um elemento para ajudar no plano. Westmoreland decide unir-se na equipe. Veronica, Nick e LJ tentam escapar de Quinn. 

Começam atritos entre a equipe devido a notícia de que um deles deve abandonar o plano. Michael prepara o fim da fuga. Veronica recebe ajuda de uma fonte inesperada. 

O plano de fuga está pronto, mas Michael não quer continuar ao saber que seu irmão está na solitária, quebrando o acordo com o resto da equipe. Veronica dá entrevista na televisão dizendo que há uma conspiração, graças à informação de um aliado d'A Companhia. 

A poucas horas da execução de Lincoln, todos tentam salvá-lo: Michael danifica a cadeira elétrica, Veronica e Nick exumam o corpo de Terrance Steadman, e Sara pede ajuda ao seu pai, o governador de Illinois, para que reveja o caso,Michael descobre que Abruzzi não está morto. 

Após o atraso da execução graças a provas enviadas por um anônimo, Michael muda o plano de fuga. Agora tenta investigar como entrar na ala psiquiátrica sem ser detectado. 

O episódio mostra os personagens três anos antes de Michael ser encarcerado. O enredo gira em torno do que aconteceu realmente no assassinato que aprisionou Lincoln e na razão que fez Michael decidir salvar a vida do irmão. 

Ao negar-se a responder sobre a origem de sua ferida, Michael é enviado à solitária, fazendo com que Sucre se arrisque para que o plano não falhe. Veronica e Nick encontram novas informações. LJ decide vingar-se por conta própria. 

Já na ala psiquiátrica, Michael tenta fazer com que Haywire refaça a parte da tatuagem que se perdeu. Geary tira Michael e Sucre da cela e decide colocar um preço para que voltem. 

Lincoln é resgatado do acidente de carro por seu pai, e ele conta tudo sobre a conspiração. Michael precisa da chave da enfermaria para completar seu plano, mas enfrenta um obstáculo inesperado. Abruzzi volta a Fox River. 

Depois de Bellick descobrir o plano, a equipe decide fugir imediatamente. Sem muitas opções, Michael decide contar com a ajuda de Sara. Tweener entra na equipe. Veronica encontra provas que a levam a Blackfoot, Montana. 

Michael exige que Pope tire Lincoln da solitária. Sara tenta decidir se ajuda Michael. Veronica percebe que Nick é parte da conspiração. A equipe finalmente escapa da prisão. 

Fora da prisão, Michael, Lincoln e os demais fugitivos começam a se esconder das autoridades. Caroline Reynolds abandona A Companhia e decide agir com as próprias mãos. Veronica vai a Montana para encontrar evidências que provam a inocência de Lincoln,T-Bag perde uma das mãos,Abruzzi foge da policia 

Oito horas após a fuga, Michael, Lincoln, Sucre, C-Note e Abruzzi vão a Oswego perseguidos pelo agente do FBI, Alexander Mahone. T-Bag encontra tratamento após perder a mão. 

Mahone usa LJ para atrair Michael e Lincoln. Abruzzi, C-Note e Sucre tomam caminhos distintos e Tweener pega carona. Bellick e Pope são colocados à disposição da justiça. 

Michael e Lincoln pedem a ajuda de Nika. Sucre vai em busca de Maricruz. C-Note tenta encontrar sua família mesmo fugindo das autoridades. Sara é presa por participar do plano. Bellick e Geary vão atrás dos fugitivos. 

Bellick e Geary encontram Michael, Lincoln e Nika. Abruzzi busca vingança contra Fibonacci, perseguido de perto por Mahone. Kellerman se aproxima de Sara. T-Bag encontra carona. Abruzzi é assassinado. 

Mahone começa a investigar sobre o dinheiro de DB Cooper. Michael e Lincoln vão em busca do dinheiro.Fernando vai a Las Vegas para impedir o casamento de Maricruz. 

Michael, Lincoln, T-Bag e Tweener vão em busca do dinheiro, mas Mahone os segue de perto. Haywire vai a Wisconsin. O governador Tancredi vê Kellerman na Casa Branca. Tweener é localizado. 

Lincoln deixa Michael a fim de encontrar LJ no Arizona. Michael, C-Note, Fernando e T-Bag encontram o local onde está o dinheiro. Sara e seu pai são investigados pel'A Companhia. Mahone interroga Tweener para depois assassiná-lo. 

Os fugitivos voltam a se separar. Mahone é investigado pelo assassinato de Tweener. Lincoln vai em busca de LJ. Sara é procurada pel'A Companhia. Bellick e Geary retomam a busca pelos fugitivos. 

Michael descobre um segredo de Mahone. Sara decifra a mensagem secreta de Michael, assim como Mahone e Kellerman. 

Michael e Sara se encontram no Novo México, Mahone os perssegue. Lincoln e LJ são pegos pela polícia. Sucre tenta comunicar-se com Maricruz em Nebraska. Bellick e Geary tentam novamente encontrar os fugitivos. 

Michael contrata um guia para fugir de avião, entretanto Lincoln deixa LJ. T-Bag escapa e mata Geary. Kellerman tortura Sara. Mahone tenta localizar Bolshoi Booze. 

Mahone tenta localizar o avião. Michael se reúne com seu pai. Sara foge de Kellerman, que é punido pelo agente Kim. C-Note arrisca-se pela sua filha. Bellick é acusado do assassinato de Geary. 

T-Bag tenta localizar Susan. Bellick é culpado e preso em Fox River. Michael e Lincoln são atrapalhados pela polícia da fronteira. Fernando pula do avião para evitar ser pego. Kellerman cria um novo plano. 

Michael, Lincoln e Kellerman encontram Steadman. Bellick é torturado na prisão. C-Note continua sua jornada com sua filha e T-Bag encontra Susan. 

Michael, Lincoln e Kellerman sequestram um jornalista para enviar uma mensagem a Sara. Bellick é levado à enfermaria. Haywire conhece dois jovens, Sucre rouba um carro no México. 

Michael e Sara têm o primeiro momento íntimo, porém viajam de trem com Lincoln e Kellerman. Mahone torna Bellick um agente do FBI. Haywire comete suicídio depois de ser encontrado. C-Note se arrisca novamente e T-Bag mantém a família Hollander como refém. 

Michael e Sara procuram Pope para que os ajude a buscar uma pista sobre A Companhia. C-Note é preso e teme por sua família. Sucre encontra Maricruz. T-Bag visita o lugar onde cresceu e liberta a família Hollander. 

Michael, Lincoln e Sara encontram a evidência da conspiração, mas Mahone descobre seus planos. Bellick vai em busca de Fernando. T-Bag rouba a identidade de um psiquiatra. Kellerman prepara o assassinato de Reynolds. C-Note recebe ameaças e de que precisa cometer suicídio. 

Michael utiliza a gravação para ameaçar a presidente Reynolds. Lincoln busca ajuda de um amigo. Mahone captura Sara. T-Bag perde o dinheiro de Westmoreland e Bellick captura Fernando. C-Note recebe uma nova oferta para salvar sua família. 

Sara se entrega ao FBI para que Michael e Lincoln fujam para o Panamá. Bellick obriga Sucre a buscar o dinheiro de Westmoreland. C-Note concorda em testemunhar contra Mahone e é liberado. 

Michael, Fernando e Bellick, por diferentes motivos, trabalham juntos na captura de T-Bag. Lincoln tenta acabar com o plano de Mahone. Sara enfrenta o julgamento e Kellerman quer decidir seu destino. 

O testemunho de Kellerman tira toda a culpa de Sara e Lincoln. Michael tenta salvar a vida de seu irmão que está nas mãos de Mahone. Fernando tenta encontrar Bellick para localizar Maricruz. T-Bag, Bellick e Michael vão para uma prisão no Panamá. 

Michael está preso em uma prisão do Panamá chamada Sona, junto com T-Bag, Bellick e Mahone. Lincoln tenta encontrar Sara e recebe notícias de seu filho. Essas notícias indicam que Michael precisa resgatar uma pessoa chamada Whistler em uma semana. Se falhar no resgate, Sara e LJ serão assassinados. 

Michael tenta encontrar Whistler antes de Mahone. Tentando encontrar pistas dentro da prisão, Lincoln encontra um velho amigo e faz uma nova amizade. T-Bag põe à prova a tolerância de Lechero. Os presos ameaçam começar uma rebelião por falta de água. 

Decidido a falar com Sara, Michael pede ajuda a T-Bag para conseguir o único telefone de Sona: o de Lechero. Lincoln tenta um resgate arriscado. Whistler confessa seu passado a Michael. Mahone retoma um velho hábito. Bellick ganha um novo inimigo. 

Depois de fracassar na tentativa de resgate, Lincoln recebe uma ameaça mortal d'A Companhia. Michael começa seu plano de fuga de Sona. Mahone tem alucinações de Haywire. T-Bag torna-se membro do grupo de Lechero. Bellick tenta entregar Michael mas fracassa. 

Um novo prisioneiro entra em Sona, deixando Whistler nervoso e aumentando as suspeitas de Michael. Lincoln planeja uma fuga com Sofia mas Susan o pressiona para acelerar o plano. Sucre tenta se aproximar de Sona. 

Michael ameaça cancelar o plano a menos que tenha uma prova de que Sara está viva. Whistler é acusado de assassinar um prisioneiro e Michael deverá provar sua inocência e salvar sua vida. Lincoln e Sofia vigiam os guardas da manhã. Mahone encontra outra maneira de sair de Sona. 

Quando Michael descobre que Sara está morta, descarrega sua raiva em Whistler colocando-os em uma luta. A oferta que Mahone recebeu não é o que parece. Lincoln e Sofia estão com problemas. Susan ameaça matar LJ. Lechero começa a perder o poder em Sona. 

Susan tenta resgatar Whistler com suas próprias mãos, deixando a vida de Michael em perigo. Lechero revela um obscuro segredo de Sona. Sofia descobre mais coisas do passado de Whistler. A liberdade de Mahone dependerá de seu testemunho. Lincoln e Sucre estão nos planos d'A Companhia. 

Depois de levantar suspeitas do Exército do Panamá, Michael é levado para a solitária. T-Bag reserva seu lugar no plano de fuga. Bellick coloca sua vida em perigo e Susan entra em contato com Sucre. Sammy recebe um presente. 

Quando Lechero perde sua autoridade em Sona, Sammy tenta colocar um fim no plano de fuga de Michael. T-Bag pressiona Bellick para que lute mais uma vez. Lincoln e Sucre preparam um plano para acabar com Susan. Outro corpo é eliminado de Sona. 

As fortes chuvas obrigam Michael a mudar os planos e decidir fugir ao anoitecer. McGrady se une ao grupo. T-Bag e Lechero formam uma aliança, e Bellick tem esperança de formar outra com Mahone. Lincoln e Sucre ajudam a cortar a luz de Sona. 

Michael e seus companheiros de prisão fogem de Sona, mas a fuga não sai como previsto para todos. 

Michael e Lincoln devem entregar Whistler para salvar a vida de LJ e Sofia. Mahone aproveita uma grande oportunidade. T-Bag vira o novo chefe de Sona. Um novo rosto entra em Sona e outro sai sem vida. 

Michael voa para Los Angeles à procura de Gretchen/Susan, Whistler e Mahone, para vingar a morte de Sara. Lincoln continua com L.J. e Sofia. Após um incêndio em Sona, T-Bag, Bellick e Sucre desaparecem, pra logo depois reunirem-se com os outros para derrubarem a Companhia de uma vez por todas. 

Michael e sua turma entram na casa do primeiro portador para recuperar o cartão numa tentativa de pôr as suas mãos em Scylla com o seu novo aliado, Rowland, expert em computadores, que demonstra ser de grande ajuda para o plano. 

Michael e os outros são forçados a fugir novamente, depois de falhar na tentativa de recuperar o cartão, enquanto tentam desesperadamente achar o próximo portador para se salvarem de serem trancados atrás das grades mais uma vez. Wyatt descobre novas informações sobre Sara, investigando seu paradeiro. T-Bag usa uma identidade falsa para começar uma vida nova. 

Michael, Lincoln e Mahone têm que entrar em um evento beneficente da polícia para obter o próximo cartão. A vida de Sara é colocada em risco novamente, assim que Wyatt descobre sua localização. 

A procura pelo próximo portador do cartão leva Michael e Lincoln ao Departamento do Tesouro Nacional. 

Michael e a equipe seguem o próximo portador; Mahone é pego com algo sem valor; Wyatt se concentra em Don Self pois o descobriu procurando informações sobre o General; T-Bag começa a desvendar os códigos do livro de pássaros de Whistler. 

Lincoln leva os membros da equipe até Las Vegas, onde Sucre recebe uma proposta indecente. Lincoln conta a Sara sobre as condições de saúde de Michael, e Self confronta o General. Enquanto isso, quando Roland força a barra com sua "sorte", o plano inteiro pode ir por água abaixo. 

Lincoln e Sucre ficam no encalço do General para conseguir o último cartão, enquanto a equipe é traída por um de seus membros. 

A equipe desenvolve um plano para entrar no quartel general da Companhia. Enquanto isso, Gretchen se encontra com um velho conhecido, e Mahone finalmente se vinga de Wyatt por assassinar seu filho. 

A equipe está a um passo de pegar Scylla. Michael vai a um hospital, enquanto ele e o resto da equipe lamentam a perda de um amigo e membro da equipe. 

Michael arrisca sua vida entrando no quartel general da Companhia com a ajuda de Mahone. Gretchen tenta pegar o último cartão em um encontro com o General. 

Michael e Lincoln finalmente se encontram cara à cara com o General enquanto tentam roubar Scylla. Sara pega uma refém para garantir a segurança de Michael, e um membro da equipe muda de lado. 

Michael precisa manter a equipe unida depois de serem traídos e acusados de assassinato por Self. T-Bag ganha um novo parceiro que extorque Gretchen para encontrar um novo comprador para Scylla. 

Michael e Lincoln correm para conseguir Scylla de volta de Gretchen e Self, que estão determinados a conseguir a peça faltante do quebra-cabeça dos irmãos. Enquanto isso, Mahone se encontra com uma velha amiga que está indecisa entre o dever e a amizade, e a fé de T-Bag é colocada em teste enquanto ele mantém a família de Gretchen como reféns. 

Michael ganha atendimento médico em um lugar estranho e Westmoreland retorna para ajudar a descobrir o verdadeiro significado de Scylla. Enquanto isso, Lincoln e Sucre correm para parar Gretchen antes que Scylla se perca para sempre. 

Lincoln e a equipe viajam para Miami para procurar por Scylla. Michael descobre coisas chocantes sobre seu passado enquanto Sara procura por ele. 

Bastidores dos sete primeiros episódios, incluindo filmagens por trás das câmeras com o elenco. Informações sobre o programa e os personagens. 

Foi ao ar após o décimo quarto episódio com uma previsão sobre os próximos episódios e entrevistas com Wentworth Miller, Dominic Purcell, Sarah Wayne Callies, William Fichtner, Wade Williams, Paul Adelstein, Robert Knepper e Silas Weir Mitchell. 

Filmagens por trás das câmeras com todo o elenco, entrevistas e informações sobre os novos personagens