Michael descobre que Sara ainda esta viva e a reencontra. T-Bag, Sucre e Bellick conseguem sair de Sona. Um policial promete dar liberdade à Michael e seus companheiros se conseguissem pegar Scylla. Michael elabora então um plano para roubar, ou melhor, copiar os seis cartões e poder então invadir a Companhia e roubar a Scylla. Armando um plano para invadir a Companhia , Bellick acaba morrendo ajudando o grupo. Michael está muito doente e precisa ir para o hospital para ser curado, porém recusa para poder ajudar o grupo a invadir o local. Enquanto isso, Gretchen e T-Bag só pensam em enganar o grupo e poder trocar Scylla por uma fortuna que havia prometido um Chinesinho. Quando Michael, junto com o grupo, invade GATE (prédio onde a Companhia se localiza) e consegue Scylla de volta. Cumprindo a missão, Michael entrega Scylla a Self, o qual foge, acabando com a esperança de todos de se tornarem livres e poderem constituir uma vida normal.